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牡丹江医学院院系设置如下：
| 学院设置 | |||
| 序号 | 名称 | 序号 | 名称 |
| 1 | 基础医学院 | 2 | 临床医学院 |
| 3 | 医学影像学院 | 4 | 药学院 |
| 5 | 公共卫生学院 | 6 | 护理学院 |
| 7 | 卫生管理学院 | 8 | 成人教育学院 |
| 9 | 外语教学部 | 10 | 口腔医学院 |
| 11 | 体育教学部 |
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学校现有教职工2464人，其中专任教师433名。具有正高级职称教师105人、副高级职称教师97人，分别占专任教师24.25%和22.40%;具有硕士学位教师252人、博士学位教师71人，分别占专任教师58.20%和16.40%;教师中享受国务院特殊津贴2人、省政府特殊津贴1人;有兼职博士研究生导师5人，硕士研究生导师120人;有龙江学者特聘教授1人、省教学名师2人、省教学能手1人、省卫生系统有突出贡献中青年专家17人;有省教学团队2个、省教育科学研究团队1个、省领军人才梯队1个、省高校科技创新团队1个;有100余名教师担任国家级学会理事、省级学会副理事长等学术职务。
学校建设有先进的教学与科研基地，现有2个黑龙江省重点实验室(抗纤维化生物治疗实验室、麻醉与危重病学实验室)，2个黑龙江省高校重点实验室(组织损伤与修复实验室、肿瘤疾病防治实验室);依托学校建有黑龙江省生物医药技术服务平台、黑龙江省博士后创新创业实践基地、黑龙江省高校校企共建工程技术研发中心和牡丹江市北药开发实验基地等科研平台;基础医学实验教学中心、临床技能实验教学中心和药学实验教学中心为黑龙江省实验教学示范中心。
近五年，学校教师参加教材编写230部，其中主编教材69部;承担国家级科研课题46项、省部级科研课题31项;承担省部级教育教学研究课题83项;获得省部级科学技术奖29项、省部级教学成果奖8项;发表学术论文5489篇，其中被三大检索收录论文272篇。2009年，合作获得国家技术发明二等奖1项。《牡丹江医学院学报》在国内外公开发行。
直接判断、特殊赋值、特例反驳、选项分组、巧用推论、筛选法、比较分析、等效思维、信息特征等...
