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北京中医药大学院系设置如下：
| 院系设置 | ||
| 基础医学院 | 中药学院 | 针灸推拿学院 |
| 管理学院 | 护理学院 | 人文学院 |
| 国际学院 | 台港澳中医学部 | 临床医学院 |
| 继续教育学院 | 远程教育学院 | 体育部 |
| 东方学院 |
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截至2013年，学校有教职工4422人，专任教师972人，其中具有高级专业技术职务者占64%，具有硕士以上学位者占73%;有博士生导师314名。学校现有“国医大师”2人，“长江学者”特聘教授3人，国家自然科学基金委员会杰出青年基金获得者2人，“973”项目首席科学家4人，国务院学科评议组成员3人，国家级百千万人才7人，国家级有突出贡献中青年专家7人，享受政府特殊津贴专家89人，形成了一支以国内外著名专家学者和国内有影响的中青年教授为主的师资队伍。
教育部“长江学者与创新团队发展计划”创新团队：
中医药干预多器官纤维化与异病同治，同病异治科学内涵的研究
阿尔茨海默病及其神经变性病的中医药防治研究
国家级教学团队:
直接判断、特殊赋值、特例反驳、选项分组、巧用推论、筛选法、比较分析、等效思维、信息特征等...
