安徽理工大学设有地球与环境学院、能源与安全学院、土木建筑学院、机械工程学院、电气与信息工程学院、材料科学与工程学院、化学工程学院、计算机科学与工程学院、理学院、外国语学院、医学院、经济与管理学院、测绘学院、人文社会科学学院、继续教育学院、思想政治理论课教学部、体育部等17个学院（部）。

安徽理工大学最好的专业机械设计制造及其自动化专业是安徽省卓越工程师教育培养计划建设专业、省教改示范专业，具有矿山机电工程博士学位授予权和机械工程一级学科硕士学位授予权。本专业下设机械设计、机械制造、机械电子工程、矿山机械工程四个专业方向，培养具备机械工程与电子技术、计算机技术相结合的，能从事机械工程及其自动化领域内的设计制造、科技开发、应用研究、运营管理等方面工作的高级工程技术人才。

安徽理工大学最好的专业土木工程专业为安徽省本科教改示范专业和教育部高等学校第一类特色专业建设点。本专业具有土木工程一级学科博士点，具有博士、硕士和工程硕士学位授予权。其中，岩土与结构工程为安徽省重点学科。本专业培养学生掌握土木工程的基础理论、基本知识和工程实践的基本技能，获得土木工程师的基本训练，能从事土木工程设计、施工、管理等工作的高级技术人才。

安徽理工大学最好的专业自动化专业从1973年开始招生，依托学科中二级学科博士学位授予点1个、一级学科硕士学位授予点1个、工程硕士学位授予点2个，现拥有煤矿自动化研究所（原煤炭部批准），省级实验教学示范中心等。

环境工程专业是安徽省高校省级本科人才培养基地，安徽省重点学科，现有环境工程博士点、环境工程博士后流动站、环境工程硕士点和环境科学硕士点。主要研究方向有：水污染控制、大气污染控制、固体废物处理与资源化、矿区生态环境、环境规划管理与评价、环境化学、土壤污染与防治等，承担有国际合作科研项目、国家级、省部级、地市级别以及其它横向科研项目。

地质工程是安徽理工大学设立最早的学科之一，是国家级特色专业建设点、安徽省重点学科、安徽省本科教改示范专业。该专业由我国著名地质学家柴登榜教授于1955年创立，1979年起招收硕士研究生。中国煤炭学会矿井地质专业委员会挂靠该学科点。该学科专业2004年被确定为安徽理工大学重点学科，2005年获博士学位授予权，现拥有矿产普查与勘探、地质工程、地球探测与信息技术3个二级学科硕士点。

安徽理工大学最好的专业安全工程专业依托安全科学与工程学科，该学科为安徽省重点学科，是我国首批安全科学与工程一级学科博士学位授权点，同时具有工程硕士和高校教师在职攻读硕士学位授予权。依托该学科拥有省部共建教育部重点实验室和安徽省重点实验室，安徽省工程技术研究中心。矿业工程研究生培养基地获首批安徽省产学研联合培养研究生示范基地，批准设立矿业工程博士后科研流动站。