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福建生物工程职业技术学院创办于2005年5月，经福建省政府批准，在福建医药学校（创办于1980年）的基础上组建，隶属福建省食品药品监督管理局，是全省食品药品监管系统唯一的全日制公办高等职业院校。

学院地处福州市区、闽江之畔，现有洪山桥和齐安2个校区，总占地150多亩。在建新校区占地306亩，位于福州市晋安区五四北，毗邻福州国家级森林公园、北峰和鼓岭风景区。

学院于2011年1月通过高等职业院校人才培养工作评估，现有教职工246人，其中博士、硕士占26.83%，高级职称占专业技术人员25.14%，“双师型”占专任教师61.54%。建有5个系（药学系、中药系、生物工程系、保健营养学系、管理系）、13个专业（生物技术及应用、化妆品技术与管理、生物制药技术、中药制药技术、药物制剂技术、药物分析技术、食品药品监督管理、药品经营与管理、保健品开发与管理、医疗器械制造与维护、食品营养与检测、药学、中药），其中保健品开发与管理、中药2个专业为国家重点建设专业，生物制药技术、中药、药品经营与管理3个专业为省级精品专业；与福建农林大学联办食品科学与工程、食品质量与安全等两个自考本科专业，与福建中医药大学联办中药学自考本科专业。现有各类在校生6000多人。

学院教学实验实训设施完善，拥有保健食品发酵、药物食品检测、原子吸收光谱、中药鉴定、电化学、微生物等能满足各专业课程实验教学需求的专业实验室；建有药品生产GMP教学实验厂、中药炮制实验厂、中药标本馆、中药百草园、生物制药实训中心（获评2009年省级财政支持建设项目）以及武夷山齐云峰自然博物园实训基地；拥有分布于全省各地的10余家省市药检所实训基地，与150多家生物医药、保健食品企事业单位开展校企合作。
学院被列为国家和省教育体制改革试点项目——“高、中职业院校联合培养药学技能人才改革试点”的牵头单位，与多所中职学校联合办学，推进中高职一体化办学。设有国家职业技能鉴定站，连续7年被评为福建省职业技能鉴定工作优秀单位。设有台湾高职教育研究会，引进台湾优质教育资源，聘请台湾教师到校授课，选送学生赴台高校学习，举办首届海峡两岸高校保健营养学专业教学科研学术研讨会，积极开展闽台教育交流合作。与沈阳药科大学、福建中医药大学、福建医科大学等省内外本科高校联办本科函授学历教育，初步构建中高职贯通、职业教育和继续教育衔接的人才培养“立交桥”。

学院开设了贫困生入学“绿色通道”，建立了以生源地助学贷款为主渠道，以国家奖学金、国家励志奖学金、政府助学金、学院奖学金、勤工助学活动为补充的较为完善的助学体系，确保不让一个学生因经济贫困原因而辍学，形成了积极向上、健康文明的和谐校园氛围。

学院坚持以“培养生物医药人才，服务海西经济建设”为宗旨，以提高教育质量为核心，以合作办学、合作育人、合作就业、合作发展为主线，秉持“正德强技，笃学健行”的校训和“明礼，和同，崇善，求真”的校风，充分发挥生物医药办学特色，积极探索校企合作、工学结合、订单培养、顶岗实习等高职人才培养模式的创新改革，将校企文化相融的素质教育贯穿于人才培养的全过程。

毕业生就业渠道通畅，就业率连续多年保持在98%以上，2009年全省高校就业工作评估成绩名列小组第一、获得优秀等级，2010年毕业生就业率、签约率均位列全省高职高专院校第一名，2011年毕业生初次就业率达99.89%，2012年毕业生初次就业率首次达到100%，2013年学院毕业生就业工作经验在省政府领导召开的就业工作座谈会上作交流发言。建校以来，已培养中、高级专门技术人才3万多名，许多毕业生已成为省内外食品药品监管系统和生物医药企事业单位的领导与业务骨干，被誉为“海西生物医药高素质技能型人才的摇篮”。