南通大学杏林学院前身为南通医学院杏林学院，始建于1999年2月，是江苏省首批按新机制、新模式设置的本科层次国有民办二级学院，2004年5月在南通医学院、南通工学院和南通师范学院三家组建合并南通大学后，学院更名为南通大学杏林学院，于2005年5月经教育部批准转办为独立学院。
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