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遵义医药高等专科学校由原遵义卫生学校和原遵义中医学校两所国家级重点中专合并组建，于2006年2月17日经国家教育部批准，2006年6月20日正式挂牌成立。

学校分设汇川校区、桃溪校区两个校区，占地271亩，总建筑面积70708.90平方米。

学校现有一基地：贵州省实验用兔养殖基地；二室：国家二级中药生药实验室、遵义市中药民族药新药研究实验室；三中心：法医司法鉴定中心、遵义市临床病理诊断中心、动物实验中心；一站：贵州省第五职业技能鉴定站。

学校有两所直属附院（遵义市第五人民医院、遵义市精神病专科医院），两所非直属附院（遵义市第一人民医院、遵义市第三人民医院）。直属附院编制床位800余张，实际开放病床450余张，医护员工350人，主要开展外科微创、腹腔镜、宫腔镜、胆道镜、胃肠镜、C臂手术、心内科、消化内科等业务。目前学校拥有市、县级校外实习医院（基地）70余家，分布在四川、云南、重庆、广东、贵州等省内外，其中三级医院18家，二级甲等医院45家、卫生防疫机构3个、药业13个。

学校现有专兼职教师678人，其中双师型教师578人，博士、硕士研究生99人，副教授以上239人。

学校经过几年的办学实践，初步探索出“中西药并举”、“专科教育为主、兼顾成人教育、中职教育为辅，兼顾职业教育培训”的办学路子，现开设有临床医学、临床医学(全科医学方向)、护理学、助产、中医学、针灸推拿、康复治疗技术、医学检验技术、医学影像技术、中药学、药学、医药营销、公共卫生管理、医学营养等14个专业和专业方向。其中，护理、医学影像技术专业为国家财政部重点支持建设的骨干专业。

2010年5月，学校通过了教育教学工作合格评估。2010年7月，学校在全省高校思想政治教育工作评估中荣获优秀。学校是“国家园林单位”、市级“平安校区”、是贵州省唯一获得国家卫生部“全国无偿献血先进促进奖”殊荣的高校。2011年，学校获全省“精神文明建设工作先进单位”和全省“安全稳定综合治理工作先进单位”等称号。

2012年11月，学校顺利通过了贵州省教育厅的评估，获批为“贵州省示范性高等职业院校”。

2013年4月，学校在全省思想政治教育工作评估中再次荣获优秀。

2013年6月，学校在全省安全文明校园建设成果评比工作中，以“创新警校共建模式促校园和谐发展”建设成果获一等奖。

多年来，学校始终坚持“教学立校、人才强校、科技兴校、医疗帮校、文化建校”的办学理念，保持“多层次多渠道”办学特色，为社会培养了一大批高素质的实用型、技能型、服务型紧缺人才。

按照贵州省、遵义市的部署和要求，学校将于2014年9月迁至新蒲新校区办学。新校区占地1160亩，学生规模将达到15000人，目前新校区建设稳步推进，预计2013年底主体工程全部完工。